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    RIP-seq

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    項(xiàng)目介紹

    RIP-seq（RNA Immunoprecipitation）是研究細(xì)胞內(nèi)蛋白與RNA相互作用的技術(shù)，是了解轉(zhuǎn)錄后調(diào)控網(wǎng)絡(luò)動(dòng)態(tài)過(guò)程的有力工具，能更有效地發(fā)現(xiàn)miRNA的調(diào)節(jié)靶點(diǎn)。

    技術(shù)原理

    RIP-seq是運(yùn)用針對(duì)目標(biāo)蛋白的抗體把相應(yīng)的RNA-蛋白復(fù)合物沉淀下來(lái)，然后經(jīng)過(guò)分離純化就可以對(duì)結(jié)合在復(fù)合物上的RNA進(jìn)行測(cè)序分析。 RIP可以看成是普遍使用的染色質(zhì)免疫沉淀RIP技術(shù)的類似應(yīng)用，但由于研究對(duì)象是RNA-蛋白復(fù)合物而不是DNA-蛋白復(fù)合物，因此RIP實(shí)驗(yàn)的優(yōu)化條件與RIP實(shí)驗(yàn)并不相同。RIP實(shí)驗(yàn)下游結(jié)合二代測(cè)序技術(shù)稱為RIP-seq，通過(guò)高通量測(cè)序和分析，深度解析與目標(biāo)蛋白相互結(jié)合的RNA的區(qū)域或種類和相互作用強(qiáng)弱。

    應(yīng)用

    RIP-seq技術(shù)可用于研究蛋白質(zhì)與RNA的直接作用、蛋白在轉(zhuǎn)錄層面相互作用、研究與蛋白結(jié)合的RNA序列。

    實(shí)驗(yàn)流程

    分析流程

         1.基礎(chǔ)分析流程

        2.可選分析流程


    樣品要求

    送樣要求

    1.提供無(wú)支原體或其他污染，活力達(dá)90%以上的細(xì)胞，細(xì)胞數(shù)量≥2.5X107。

         2.運(yùn)輸前細(xì)胞需交聯(lián)固定（固定方法可聯(lián)系技術(shù)經(jīng)理獲取）。

         3.保存于-80℃冰箱，干冰運(yùn)輸。

    項(xiàng)目案例

    GO分析SRSF6下游的靶點(diǎn)基因所涉及的細(xì)胞通路及功能

    RIP-Seq與RNA-Seq聯(lián)合分析獲得SRSF6的RNA序列結(jié)合熱點(diǎn)

    PRC2的RIP-Seq所獲得的RNA表達(dá)值以及屬性分析結(jié)果

    RIP-Seq的原理圖以及5mC富集的RNA在編碼序列上的分布和含5mC的RNA的表達(dá)水平分析

    學(xué)術(shù)文章

    RIP-seq

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